1987年李蓬从北京师范大学毕业；1988年获得中美CUSBEA奖学金留学美国；1995年获得加州大学圣地亚哥分校博士学位，随后在新加坡国立大学分子与细胞生物学研究所、美国达拉斯西南医学中心，霍华德休斯医学研究所进行博士后研究；1997年应聘在新加坡分子和细胞生物学研究所任研究室主任和助理教授；2003年任香港科技大学生物系研究室主任、助理教授；2006年全职回国任清华大学生物科学与技术系教授；2009年起任清华大学生命科学学院副院长；2012年获得何梁何利基金科学与技术进步奖；2015年12月当选中国科学院院士；2016年11月当选为发展中国家科学院院士；2017年获得第二届叶剑英奖。
主要研究脂代谢调控的分子机制，脂滴的形成、融合、动态变化及与内质网、线粒体等细胞器的相互作用，以及肥胖、糖尿病、脂肪肝等代谢性疾病的发生和发展机制。
2016年 当选发展中国家科学院（TWAS）院士
2015年 当选中国科学院院士
2012年 何梁何利基金生命科学领域科学与技术进步奖
2009年 国家杰出青年基金资助
2008年 亚太分子生物学网络第一届阿瑟·科恩伯格纪念讲演奖（Arthur Kornberg Memorial Lecture award）
1999年 新加坡青年科学家奖
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